Bioloģiskās Varroa destructor kontroles metodes ietver dzīvu organismu un dabisko bišu aizsargmehānismu izmantošanu cīņā ar ērcēm. Šī pieeja būtiski atšķiras no ķīmiskās kontroles, kas balstās uz sintētisko vielu izmantošanu. Bioloģiskie līdzekļi parasti tiek uzskatīti par ilgtspējīgākiem, un integrētās kaitēkļu pārvaldības (IPM) sistēmā tie ieņem augstāku vietu nekā ķīmiskie preparāti.
Viena no bioloģiskās kontroles virzieniem – dabisko Varroa ienaidnieku pielietošana ērču kontrolei. Šobrīd zinātnieki pēta viltus skorpionu (Pseudoscorpiones) potenciālu iznīcināt ērces. Lai gan laboratorijas rezultāti ir daudzsološi, līdz šim šie līdzekļi nav plaši pieejami un prasa turpmākus pētījumus un izmēģinājumus lauka apstākļos.
Vēl viena svarīga bioloģiskās kontroles joma – pašu bišu bioloģiskie un uzvedības aizsargmehānismi. Šie procesi darbojas saimes līmenī un veido tā dēvēto kolektīvo imunitāti – spēju visai bišu kopienai reaģēt uz parazītu radīto apdraudējumu.
Divi svarīgākie uzvedības tipi, kas veicina dabisku Varroa kontroli, ir kopšanās un higiēniska uzvedība.
Kopšanās – tā ir bišu savstarpējās aprūpes forma, kad darba bites tīra sevi un cita citu, noņemot netīrumus vai parazītus, tostarp ērces. Saimēs, kurām raksturīga intensīvāka kopšanās, parasti labāk tiek galā ar parazītiem bez biškopja iejaukšanās.
Higiēniskā uzvedība – spēja atpazīt un izņemt inficētas vai neveselas kāpures un kūniņas. Bites atsedz šūnu vāciņus un izņem brāķētos perus, līdz ar tiem izņemot arī Varroa ērces. Lai gan šādi peri neizdzīvo, šis process būtiski kavē ērču izplatību visā saimē.
Šīs uzvedības iezīmes cieši saistītas ar selekciju. Viens no galvenajiem ilgtermiņa bioloģiskās kontroles mērķiem – atlasīt un vairot tādas Apis mellifera līnijas, kurām dabiski piemīt izteikta higiēniskā uzvedība un izturība pret ērcēm. Pētījumi rāda, ka tā ir viena no uzticamākajām un perspektīvākajām stratēģijām, lai samazinātu atkarību no ķīmiskajiem preparātiem. Tomēr svarīgi atzīmēt, ka uzvedības pazīmju izpausme ir atkarīga no vides apstākļiem, tādēļ bišu līnijas, kas izaudzētas vienā reģionā, citur var būt neefektīvas. Pirms iegādāties izturīgas mātes, ieteicams pārliecināties, vai tās ir testētas vietējos apstākļos.
Bioloģiskie pasākumi, īpaši selekcija pēc higiēniskās uzvedības un kopšanās, IPM sistēmā tiek uzskatīti par profilaktiskiem līdzekļiem. Tie palīdz uzturēt zemu ērču invāzijas līmeni bez lielām iejaukšanās darbībām un ir visperspektīvākie ilgtermiņā. Lai gan praksē bieži dominē ķīmiskie līdzekļi, bioloģiskajai kontrolei būtu jābūt galvenajam stratēģiskajam virzienam, lai panāktu ilgtspējīgu risinājumu.